Nemški izumitelj se je vkrcal v Antwerpnu in potoval proti Harwichu. Zvečer je večerjal s sopotniki, nato pa se okoli desete ure umaknil v svojo kabino in prosil, naj ga zbudijo ob 6.15. Naslednje jutro je bila kabina prazna. Postelja ni bila uporabljena, njegova nočna oblačila pa so bila pripravljena, kot da se namerava vrniti.

Na krovu so našli njegov plašč in klobuk. Približno deset dni pozneje je posadka druge ladje v morju opazila truplo in z njega vzela nekaj osebnih predmetov, preden ga je zaradi slabega vremena vrnila morju. Dieselov sin Eugen jih je pozneje prepoznal kot očetove.

Najpogostejša razlaga ostaja samomor. Diesel je imel finančne težave, v njegovem dnevniku pa je bil datum 29. september označen s križem. Kljub temu so se pojavile tudi teorije o nesreči in celo umoru.

Ironija njegovega konca je toliko večja, ker je njegovo ime postalo eno najbolj znanih v zgodovini tehnike. Motor, ki ga je razvil zaradi želje po učinkovitejšem izkoristku goriva, je desetletja poganjal ladje, tovornjake, vlake, avtomobile in industrijske stroje po vsem svetu.